Liečba začína v závislosti od všeobecného stavu pacienta a špecifického priebehu choroby 3 -4-krát týždenne so slabým trasením a stupňovaním v rámci prvých 6 týždňov na dobre znášanej vyššej intenzite. V dôsledku rýchleho unavenia sa pacientov mali by sa, práve pri počiatočných ošetreniach, zaplánovať dodatočné uvoľňovacie prestávky v priebehu liečby. Tuto sa môže priebeh programu kedykoľvek pozastaviť a tiež aj neskôr po jednotlivých  fyzioterapeutických procedúrach pokračovať.

Bezprostredné pôsobenie liečby stochastickou rezonanciou mali by terapeuti preskúšať a dokumentovať napríklad preskúšaním obrazu chôdze, sily (stúpanie po schodoch) alebo reaktivity atď. a vysvetliť to pacientovi.

Nastavenie trasu/trasenia sa uskutoční stlačením ikony  „ + “ alebo „ - “, čím sa momentálne nastavenie zakaždým zvýši, alebo zníži o jeden stupeň. Pre voľbu sú k dispozícii nasledujúce úrovne:

 „slabé“ v podstate vhodné pre všetkých pacientov, aj pri  mnohonásobných chorobopisoch, napr. osteoporóze a neuropatii alebo ataxii atď. a/alebo u pacientov, ktorí sa nachádzajú telesne v slabom všeobecnom stave

 „ľahké“ je vhodné pre pacientov, u ktorých sa prejavujú silné symptómy a/alebo sú telesne podpriemernom všeobecnom stav

, „stredné“ základné nastavenie pre pacientov s normálnym priebehom choroby a/alebo sa nachádzajú telesne v priemernom všeobecnom stave

 „silné“ je vhodné pre pacientov, ktorí dosiahli už dobré až veľmi dobré liečebné výsledky a/alebo sa nachádzajú telesne vo veľmi dobrom všeobecnom stave.